Ф. А. Ганиев – автор более 350 научных трудов, в том числе 24 монографий. В книге "Словообразование в татарском языке" (2010) ученый обобщил все свои изыскания в области татарского словообразования. Он создатель (в соавторстве) и научный редактор трехтомной академической грамматики татарского языка, редактор 135 научных изданий и словарей. Он внес большой вклад в изучение и систематизацию татарской лексикографии, интенсивно работал над составлением различных типов словарей татарского языка (толковых, переводных и т.д.). Созданные им труды, являясь бесценным научным капиталом и неоценимым достижением в тюркологии, ознаменовали целую эпоху в новейшей истории татарской лингвистической мысли.